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Studio Virtuel Interactif en Réseau
appliqué
au Génie Biologique et Médical

Base de connaissances sur le Coronavirus Virus et Bactéries


Encore faut-il bien connaître l'aventure du Covid-19, ses origines et son histoire d'une part pour mieux en comprendre ses processus de vie et de survie qui le motivent à s'installer et se développer comme d'autres de ses semblables dans l'espèce humaine et les autres espèces intermédiaires, et d'autre part d'en trouver les stratégies contradictoires qui le condamnent à aller ailleurs ou pas et sans nuire à l'humanité. D'où le besoin de capteurs de virus avant d'entrée dans le corps humain (systèmes respiratoire et digestif)  pour modifier son comportement et les expulser, et dans le corps humain pour les détruire en quantité suffisante pour laisser le système hymunitaire apprendre de leurs structures et fonctions afin d'en générer des anticorps dès plus efficaces.

Les Acides aminés
https://fr.wikipedia.org/wiki/Acide_amin%C3%A9

Un acide aminé est un acide carboxylique qui possède également un groupe fonctionnel amine.
De tels composés organiques ont donc à la fois un groupe carboxyle –COOH et un groupe amine, par exemple une amine primaire –NH2 ou une amine secondaire –NH–.
Dans le monde vivant, on connaît environ 500 acides aminés, dont environ 149 sont présents dans les protéines.
Ces acides aminés peuvent être classés de nombreuses manières différentes :
on les classe ainsi souvent en fonction de la position du groupe amine par rapport au groupe carboxyle en distinguant par exemple les acides α-aminés, β-aminés, γ-aminés ou δ-aminés ; on peut également les classer en fonction de leur polarité, de leur point isoélectrique ou de leur nature aliphatique, aromatique, cyclique ou à chaîne ouverte, voire de la présence de groupes fonctionnels autres que le carboxyle et l'amine qui définissent cette classe de composés.

En biochimie, les acides α-aminés jouent un rôle crucial dans la structure, le métabolisme et la physiologie des cellules de tous les êtres vivants connus, en tant que constituants des peptides et des protéines. Ils constituent à ce titre l'essentiel de la masse du corps humain après l'eau.
Ils présentent, à de rares exceptions près, une structure générique du type H2N–HCR–COOH, où R est la chaîne latérale identifiant l'acide α-aminé.
Toutes les protéines de tous les êtres vivants connus ne sont constituées — à quelques exceptions près — que de 22 acides aminés différents, parfois légèrement modifiés, dits acides aminés protéinogènes.
Parmi ceux-ci, 19 acides aminés ne contiennent que quatre éléments chimiques : le carbone, l'hydrogène, l'oxygène et l'azote ; deux acides aminés contiennent en plus un atome de soufre, et un acide aminé assez rare contient un atome de sélénium.
Ces acides aminés forment de longs biopolymères linéaires, appelés polypeptides, dans lesquels les monomères sont unis entre eux par des liaisons peptidiques.

Un acide aminé engagé dans une ou deux liaisons peptidiques au sein d'un polypeptide est un résidu d'acide aminé.
L'ordre dans lequel ces résidus se succèdent dans les polypeptides est la séquence peptidique et est déterminé par les gènes à travers le code génétique, qui établit une relation entre les codons de trois bases nucléiques et chacun de ces résidus.

Les acides aminés sont quasiment tous des molécules chirales, dont les représentants naturels sont essentiellement les énantiomères L ;
il existe également des acides aminés D dans les parois bactériennes et certains antibiotiques, comme la gramicidine, qui est un peptide non ribosomique.
Outre leur rôle dans les protéines, les acides aminés protéinogènes peuvent également être précurseurs de biosynthèses importantes.
C'est par exemple le cas de la glycine, précurseur de la porphyrine, laquelle donne l'hème des globules rouges, ainsi que de l'acide inosinique, qui donne les bases puriques des acides nucléiques.

Les acides nucléiques

Les acides nucléiques sont des polymères dont l’unité de base, ou monomère, est le nucléotide.
Ces nucléotides sont reliés par des liaisons phosphodiesters.

Un nucléotide est une molécule organique qui est l'élément de base d'un acide nucléique tel que l'ADN ou l'ARN. Il est composé d'une base nucléique (ou base azotée), d'un ose à cinq atomes de carbone, dit pentose, dont l'association forme un nucléoside, et enfin de un à trois groupes phosphate.
Un nucléotide est composé de trois parties :
    1.    une base nucléique variable en fonction du type de nucléotide (purine ou pyrimidine) fixé à l'atome de carbone 1' du désoxyribose ;
    2.    un sucre à cinq atomes de carbone ;
    3.    un groupement phosphate (ou acide phosphorique), identique pour les nucléotides de l'ADN et de l'ARN, fixé sur l'atome de carbone 5' du désoxyribose, (et à l'atome de carbone 3' du désoxyribose du nucléotide suivant).
Puisque les phosphates et les sucres sont toujours les mêmes dans un acide nucléique donné, la nature du nucléotide est déterminée par la base nucléique qu’il contient. La séquence d'un brin d'ADN ou d'ARN peut donc se résumer à la succession des bases nucléiques présentes. Les cinq principaux nucléotides sont nommés selon leur base nucléique.
L'ADN est constitué de quatre désoxyribonucléotides différents correspondant à quatre bases nucléiques différentes :
    •    le dAMP, dont la base nucléique est l'adénine (A), une purine,
    •    le dGMP, dont la base nucléique est la guanine (G), une purine,
    •    le TMPa, dont la base nucléique est la thymine (T), une pyrimidine,
    •    le dCMP, dont la base nucléique est la cytosine (C), une pyrimidine.
Ils ont la particularité de s'unir deux à deux par complémentarité :
    •    le dAMP (adénine) avec le TMP (thymine) en établissant deux liaisons hydrogène,
    •    le dCMP (cytosine) avec le dGMP (guanine) en établissant trois liaisons hydrogène.
L'ARN est constitué de quatre ribonucléotides différents correspondant à quatre bases nucléiques différentes :
    •    l'AMP, dont la base nucléique est l'adénine (A),
    •    le GMP, dont la base nucléique est la guanine (G),
    •    l'UMP, dont la base nucléique est l'Uracile (U), une pyrimidine, il remplace le TMP qui n'apparaît que dans l'ADN,
    •    le CMP, dont la base nucléique est la cytosine (C).
L'UMP s'apparie avec l'adénosine monophosphate (AMP).
La biologie de synthèse crée des nucléotides artificiels formant des paires de bases non naturelles à l'origine d'un code génétique étendu (en)2.
L'adénosine triphosphate, ou ATP, est un nucléotide de stockage de l'énergie dans les cellules vivantes. Cette énergie est libérée par hydrolyse des groupements phosphates.
L'IUPAC (Union internationale de chimie pure et appliquée) a défini les codes suivants pour représenter les nucléotides des acides nucléiques et désoxyribonucléiques séquencés :

Code IUPAC
Base nucléique

A : Adénine
C : Cytosine
G : Guanine
T (ou U) : Thymine (ou Uracile)

R  : A ou G
Y  : C ou T (U)
S  : G ou C
W : A ou T (U)
K : G ou T (U)
M : A ou C
B : C ou G ou T (U)
D : A ou G ou T (U)
H : A ou C ou T (U)
V : A ou C ou G
N : N'importe quelle base
. ou - vide

>6M17_1|Chains A,C|Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1|Homo sapiens (9606)
MADYKDDDDKSGPDEVDASGRVRLVLPNPGLDARIPSLAELETIEQEEASSRPKWDNKAQYMLTCLGFCVGLGNVWRFPYLC
QSHGGGAFMIPFLILLVLEGIPLLYLEFAIGQRLRRGSLGVWSSIHPALKGLGLASMLTSFMVGLYYNTIISWIMWYLFNSFQEPLP
WSDCPLNENQTGYVDECARSSPVDYFWYRETLNISTSISDSGSIQWWMLLCLACAWSVLYMCTIRGIETTGKAVYITSTLPYVVL
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SVIGFRATQRYDDCFSTNILTLINGFDLPEGNVTQENFVDMQQRCNASDPAAYAQLVFQTCDINAFLSEAVEGTGLAFIVFTEAIT
KMPLSPLWSVLFFIMLFCLGLSSMFGNMEGVVVPLQDLRVIPPKWPKEVLTGLICLGTFLIGFIFTLNSGQYWLSLLDSYAGSIPLLI
IAFCEMFSVVYVYGVDRFNKDIEFMIGHKPNIFWQVTWRVVSPLLMLIIFLFFFVVEVSQELTYSIWDPGYEEFPKSQKISYPNWVY
VVVVIVAGVPSLTIPGYAIYKLIRNHCQKPGDHQGLVSTLSTASMNGDLKY

>6M17_2|Chains B,D|Angiotensin-converting enzyme 2|Homo sapiens (9606)
MRSSSSWLLLSLVAVTAAWSHPQFEKQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKE
QSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNER
LWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAY
VRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGF
WENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMS
LSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHD
ETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNM
NVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYADQSIKVRISLKSALGDKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMRQYFLKVKNQM
ILFGEEDVRVANLKPRISFNFFVTAPKNVSDIIPRTEVEKAIRMSRSRINDAFRLNDNSLEFLGIQPTLGPPNQPPVSIWLIVFGVVMGV
IVVGIVILIFTGIRDRKKKNKARSGENPYASIDISKGENNPGFQNTDDVQTSF

>6M17_3|Chains E,F|SARS-coV-2 Receptor Binding Domain|Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2697049)
RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGD
EVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFP
LQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF


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Le CREDACI GBM-LAB tente d'apporter des solutions en créant des concepts et modèles mathématiques
tenant compte de la diversité dans l'identitaire où l'équivalence n'est pas légalité
mais la texture des identitaires dans leurs diversitaires.


A l'aide des Texturologies Quantiques Prétopologiques, le High Parallel Computing (HPC) utilisant les Bits-Computers
devient un High Parallel Quantum Computing (HPQC) avec les QBits-Computers
puis un Huge Parallel Texturology Quantum Computing (HUPTQC) avec les TQBits-Computers
et un Huge Parallel Optical Texturology Quantum Computing (HUPOTQC) avec les OTQBits-Computers (Obtical Texturology QBits)

Avec myQLM d'ATOS,
nous préparons les NoteBooks myQLM de programmation quantique texturologique

The Atos Quantum Learning Machine (QLM & QLM E) is an enterprise-class solution
for quantum simulation that extends the capabilities of myQLM.

Avec Wolfram Mathematica les NoteBooks sont générés
automatiquement à partir du calcul et de la programmation.

With the Jupyter notebooks, an open-source web application
that allows you to create and share documents that contain live code, equations, visualizations and narrative text
we prepare data cleaning and transformation, numerical simulation, statistical modeling, data visualization, machine learning and IA.

 and With Binder, open those notebooks in an executable environment,
making your code immediately reproducible by anyone, anywhere.
https://gke.mybinder.org/
after enter your repository information by providing in the above form a URL or a GitHub repository that contains Jupyter notebooks,
as well as a branch, tag, or commit hash. Launch will build your Binder repository.
If you specify a path to a notebook file, the notebook will be opened in your browser after building.

A partir des travaux

sur la Trans-combinatoire et les Textures Prétopologiques et Quantiques et leurs Texturologies
ainsi que les Processus Markoviens Prétopologiques
associés
à l'Algèbre des Quinternions et à la Théorie des Sous-ensembles superposés et intriqués du Résualisme et de la Cybericité

sont préparés avec Mathematica, des outils d'IA et DeepLearning, classification multi-hierarchique et multi-paramétrique,
 avec représentation 2D et 3D interactives en temps réel par DataMining avec simulateur de vol dans les données en Réalité Virtuelle et Augmentée,
et algorithmique de Trans-Combinatoire (3^(n-1) + 1 possibilités en parallel au lieu de 2^n),
de Textures et Texturologies Quantiques Prétopologiques Relationnelles,


Ainsi est mis en place tout un processus systémiques de production d'outils et matériels,
de méthodes et démarches,
d'interfaces de dialogue et de paramétrage en Design et UX-Design
utilisables en Génie Biologique et Médical en Biochimie cellulaire et macrobiologie génômique.

http://patrick.saintjean.free.fr/MATH-LAB.html